Das AJC Berlin führt den Kampf gegen Rechtsextremismus entschlossen und äußerte daher bereits sehr früh Besorgnis über das Erstarken rechter Parteien und ihren wachsenden Einfluss.
Zudem weist das AJC beharrlich auf die Gefahren des Islamismus hin und etablierte sich als die führende Stimme im Werben für ein Verbot der schiitischen Terrororganisation Hisbollah, welches im Jahr 2020 in Deutschland umgesetzt wurde. Mit seinem Streben nach Atomwaffen, der Unterstützung des internationalen Terrorismus und seiner Machtausbreitung in der Region, gefährdet der Iran Frieden und Stabilität in der Welt. Das AJC Berlin verfasst dazu regelmäßig Hintergrundinformationen für EntscheidungsträgerInnen und klärt über die Gefährdungslage auf.
Doch auch legalistische islamistische Gruppen stellen eine Bedrohung der freiheitlich-demokratischen Grundordnung dar. Diese Gruppierungen setzen ihre Vorhaben nicht mit Gewalt durch, sondern verfolgen ihre extremistischen Ziele mit politischen Mitteln innerhalb der bestehenden Rechtsordnung. Um die Öffentlichkeit über ihre Strategie aufzuklären, organisiert das AJC Berlin Informationsveranstaltungen und informiert Politik und Zivilgesellschaft.